转录组广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合，包括信使 RNA、核糖 RNA、转运 RNA 及非编码 RNA；狭义上指所有 mRNA 的集合。转录组成为研究基因表达的主要手段，转录组是连接基因组遗传信息与生物功能...
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读懂了转录组数据结果，还需要一些技能帮助我们深入挖掘数据，如：挑选目标基因、做venn图、通路注释、转录组因子调控分析、绘制热图、蛋白互作图等等，假如您还不会这些技能，可以参考课程：《转录组标准分析后的...
FastQC是一个用于高通量序列数据的质量控制程序。FastQC可以读取并分析多种格式的序列数据，并且可以以交互的形式来检查几种不同的质量结果，或者创建一个可以集成到自动分析流程中的报告。该软件生成的结果是html...
@TOC1.转录组 @1.转录组
ETWAS 基于表观遗传元素的转录组全关联研究介绍全转录组关联研究（TWAS）提供了一种强大的方法，可用于识别新型疾病风险基因并在先前由全基因组关联研究（GWAS）鉴定出的基因座上发现可能的致病基因。 但是，这些...
SQANTI3 将继续作为一项集成开发，旨在为您的新长读定义转录组提供最佳表征。 SQANTI3 是框架的第一个模块，其中还包括 IsoAnnot 和 tappAS。最新更新当前版本 (07/05/2021)：SQANTI3 版本 4.1 SQANTI3 中实现的新...
1. 名词解释 4 2. 相关软件及数据库 7 3. 实验流程 8 4. 分析流程 9 5. 分析结果展示 13
我的TAIR进化转录组学动机进化转录组学研究可以作为在计算机上筛选感兴趣的生物学过程中进化限制的潜在存在的第一种方法。 这是通过量化转录组保守模式及其在生物学过程中潜在的基因组来实现的。 myTAI实施的探索性...
Scrimer：根据转录组数据设计引物Scrimer是一种GNU / Linux管道，用于根据转录组数据设计PCR和基因分型引物。文献资料该文档可在线获得： : sphinx格式的源文件位于doc目录中。源代码和错误报告执照Scrimer已获得GNU...
SPOTlight的目标是提供一种工具，该工具能够对包含捕获细胞混合物的每个捕获位置中存在的细胞类型和细胞类型比例进行反卷积，该技术最初是为10X的Visium开发的-空间分子切割技术-可以用于返回混合物的所有技术细胞。...
参考： C.Soderlund（2019）转录组计算工作台（TCW）：单个和比较转录组的分析。 发表于 。 描述：对于单转录组（singleTCW）-针对注释数据库，GO注释，ORF查找和差异分析的相似性搜索。 对于多转录组（multiTCW）...
本报告介绍了在干燥和哺乳期使用新一代测序技术组装和分析牛牛瘤胃上皮组织转录组的过程。 转录组学分析和比较显示，由于对泌乳的适应性，与瘤胃上皮组织代谢相关的基因表达发生了广泛变化。 泌乳期间瘤胃上皮适应...
1.安装 将 ， 和克隆到~/crt ， ~/cre和~/bioscripts 。 设置PATH：在〜/ .bash_profile中export PATH=~/crt/scripts:~/cre/scripts:~/bioscripts/scripts 。 安装 ，设置PATH和PYTHONPATH： ...
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RNAseq：转录组学项目 该存储库包含一些不同的RNAseq项目 卡汉 此文件夹包含对几天成年果蝇Drosophila melanogaster的全身热（37）和冷（4）震荡进行的分析，以进行针对EPSCoR ThermoFly Group for Frontiers论文...
刻板印象 空间转录组学分析工具包。
此存储库包含转录组状态扰动生成器 (TSPG) 的代码。TSPG 是一种使用基因表达数据和对抗性学习来发现生物标志物基因的实验工具。 基于 TSPG 的出版物： 使用深度学习进行精准医学应用的细胞状态转换 使用生成对抗...
基因型的转录组多样性该交互式图形通过注释生动地体现了生物多样性，因为它可以在十种不同的柳基因型的叶子中找到（总共60棵树）。 分类单元由有色节点表示（请参见图例）。 远端结节（即物种分类群）的大小与唯一...
CytoSPACE是一种新颖的计算策略，用于在空间转录组（ST）测量可能包含多个细胞的贡献的情况下，将单细胞转录组分配给原位空间转录组数据。 我们的方法通过基于线性编程的优化例程将基于相关的成本函数最小化，从而...
通过基于图的卷积网络（DSTG）对空间转录组学数据进行反卷积这是DSTG的TensorFlow实现，用于分解空间转录组学数据，我们的论文对此进行了描述：安装python setup.py install要求张量流（> 0.12） 网络运行演示使用...
Cufflinks 是一套用于高通量 RNA 测序 (RNA-Seq) 数据的基因发现和表达分析的工具。 它使生物学家能够准确识别新基因和剪接变体，合并和比较转录组组装，并检测多种类型的差异转录表达。
用于基于参考的转录组重建的软件。 它从从RNA-seq获得的短读开始进行重建。 它最适合用于管理每个基因中内含子数量少的低等真核生物的转录组，也可用于检出蛋白。 它需要一个SAM文件，其读取与参考基因组对齐；（可...
Bridger：使用RNA-seq数据进行从头转录组组装的新框架
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梅花花朵香气物质形成的比较转录组分析，赵凯，张启翔，梅花（Prunus mume）蔷薇科李属植物，是一种非常理想的木本观赏植物。本研究采用Illumina HiSeqＴＭ 2000 测序平台对梅花品种
它提供了一套模块化的分析，你可以用它来快速了解你的数据是否有任何问题，在做任何进一步的分析之前，...(注：在NCBI中下载的基因组不一定是最新的版本，迫不得已尽量不要在这里下载)，此流程的操作依旧是非常简单的。
本研究在前期的转录组测序和数字基因表达谱(DGE) 测序的基础上进一步对榨菜的根组织进行了测序和分析．通过高通量RNA-Seq测序我们获得了高质量的数字基因表达谱数据超过一千万条,其中有约71％能比对到参考基因序列上...
AB_条形码编码以生成与Visium空间转录组学兼容的抗体条形码。 为了使用来自10x基因组学的Visium空间基因表达溶液使用DNA偶联抗体对蛋白质进行多重分析，需要生成与空间条形码不重叠的AB条形码以区分这两组条形码。 ...
原标题：20个必须知道的转录组知识点！随着测序成本的不断下降，转录组测序分析已然成为生物学及医学研究不可或缺的技术手段。但是，对于大多数初学者来说，会遇到各种各样的问题。这里，小编就给大家重点介绍一下...