生物信息学数据库 - 程序员宅基地

CpDB:关系数据库模式和细菌基因组注释工具-开源

是由安德森·桑托斯（Anderson Santos）获得的生物信息学博士学位，是在假肺杆菌（Corynebacterium pseudotuberculosis）（Cp）泛基因组计划下开发的。 2009年至2012年之间，Cp全景基因组向科学界提供了15个细菌...

TCGA数据库学习二：差异基因分析

标签：数据库学习 r语言

在分析TCGA阿虎句酷里的RNA-seq数据之前，先了解TCGA样本的id名称。TCGA样本id中第14-15位代表分组信息，01-09是tumor(肿瘤)，10-29是normal。

基因检测报告都用了哪些数据库？

标签：大数据数据库数据分析

在基因检测机构出具报告时, 可在已有的数据库及发表的文献中寻找到有价值的参考信息。以下详细列出在基因检测诊断中常用的数据库：人群数据库某变异在大规模人群中发生频率 dbSNP数据库...

【学习笔记】生物数据库の初步了解

二级数据库是通过对一级数据库的资源进行分析、整理、归纳、注释而构建的具有特殊生物学意义和专门用途的数据库。比如从三大核酸数据库和基因组数据库中提取并加工出的果蝇和蠕虫数据库，再比如根据蛋白质三维结构...

基于java+SSM生物实验室设备管理系统的设计与实现毕业设计源码+数据库+使用文档+全部资料（高分优秀项目）...

标签： java SSM 毕业设计课程设计

基于java+SSM生物实验室设备管理系统的设计与实现毕业设计源码+数据库+使用文档+全部资料（高分优秀项目）.zip基于java+SSM生物实验室设备管理系统的设计与实现毕业设计源码+数据库+使用文档+全部资料（高分优秀...

图数据库Neo4j学习一基本介绍

标签： neo4j

图数据库的基本介绍及安装

Cistrome数据库

标签：生物信息学

Cistrome的目标是提供一个基因组顺式作用元件分析的综合性数据库，通过收集来自GEO,ENCODE等公共数据库中的chip_seq, DNase_seq, ATAC_seq 原始数据，采用统一的分析方法，用bwa比对参考基因组，然后采用macs2进行...

学习DAVID数据库(1)

标签：学习

在学习David，一个存储生物信息的在线数据库。文章根据B站提供的DAVID教学视频，记录了如何用DAVID进行基因ID转换。

更快更强更稳定：腾讯向量数据库测评

标签：机器学习人工智能数据库

腾讯云向量数据库的HNSW 索引都可以达到99%以上的召回率，QPS大约在13800以上，开源的向量数据库Faiss、Elasticsearch等在同等测试条件下，QPS都不超过4000，所以腾讯云向量数据库取得了至少3倍以上的性能提升。...

【生物信息学】——Metagenomics宏基因组学分析流程浅谈

标签： big data

Metagenomics 生物信息学宏基因组高通量分析

生物信息学常用名词解释

标签：生物信息

参考自：生物信息学常用名词解释1; 生物信息学常用名词解释2; 生物信息学常用名词解释3; 生物信息学常用名词解释5; 生物信息学常用名词解释6 名词解释生物信息学（bioinformatics）综合计算机科学、信息技术和...

第一章作业【数据库原理】

标签：数据库 nosql mysql

第一章作业【数据库原理】

生物信息学|通过整合药物表型、治疗、化学结构和基因组特征，使用机器学习预测药物-药物相互作用

0. 摘要目的：药物-药物相互作用(drug - drug interaction, dis)是药物开发和临床应用的重要考虑因素，尤其是联合用药。虽然在临床试验期间有必要确定所有可能的DDIs，但DDIs经常是在药物被批准临床使用后...

2020年部分生物信息学期刊SCI影响因子（JCR）

Nature (impact factor = 42.778) Science (impact factor = 41.845) Cell (impact factor = 38.637) Nature Biotechnology (impact factor = 36.558) Nature Methods (impact factor = 30.822) ...

生物信息学绪论

标签：数据挖掘机器学习生物学

生物信息学的定义 HGP第一个五年总结报告：生物信息学是一门交叉学科、它包含了生物信息的获取、加工、存储、分配·、分析、解释等在内的所有方面，它运用数学、计算机科学和生物学的各种工具阐明和解释大量数据所...

【生物医学】蛋白数据库UniProt综述及结构图谱

标签：生物学生物信息学数据库

本文主要分享蛋白数据库UniProt的基本综述的图谱，包含数据库的基本介绍以及组成部分两大块内容，方便大家对这个库能够快速了解。图谱来源主要出自博客【全球蛋白资源数据库UniProt】一文，在此表示感谢。关于本...

中科院生物信息学题目整理

1.什么是生物信息学，如何理解其含义？答：生物信息学有三个方面的含义： 1) 生物信息学是一个学科领域，包含着基因组信息的获取、处理、存储、分配、分析和解释的所有方面。 2) 生物信息学是把基因组DNA序列...

有机晶体数据库_福利干货：晶体学数据库大盘点

标签：有机晶体数据库

原标题：福利干货：晶体学数据库大盘点在信息化社会，充分有效地管理和利用各类信息资源，是进行科学研究和决策管理的前提条件。数据库技术是管理信息系统、办公自动化系统、决策支持系统等各类信息系统的核心部分，...

生物信息学、系统生物学期刊会议

生物信息学、系统生物学是交叉学科，可选择期刊比较广泛，这里只列举一些平时关注的刊物： -------------------------------------------- Nature Biotechnology Nature Methods 上述两个刊物有Computational ...

2022.01.23【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第六章多重序列比对上）

标签：算法

学习目标理解使用ClustalW进行多重序列比对（MSA）的三个主要阶段；... 认识用于MSA的数据库，比如Pfam；讨论基因组DNA的多重序列比对。多重比对序列的定义多重序列比对就是一组3条或者多条可

生物信息学_序列比对（一）序列比对概述

标签：生物信息学

比较是科学研究中最常见的研究方法之一，通过比较寻找研究对象可能具备的某些特征和特性。序列比较的理论基础是进化学说：如果两个序列之间具有足够高的相似性，那么两者可能是共同的进化祖先经过序列内残基的替换，...

2021.11.22【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第五章第五节用类似于BLAST的比对工具快速搜索基因组...

标签： linux python 正则表达式

需求：随着基因组DNA数据库数量增长，对比对工具要求越来越高能在基因组DNA中找到外显子比对时考虑基因组DNA包含的测序错误有相应的算法解决相关物种的基因组在比对中出现删除、重复、倒置或移位的问题 ...

来自UCSC xena 的GTEX表达数据，注释文件

标签： GTEx 生物信息学数据库

GTEX数据集是正常人死后的组织进行测序的数据集，可以和TCGA肿瘤数据集合并进行后续分析。

一文极速读懂UniProt数据库

标签：蛋白质组生物信息生物信息学

Uniprot （Universal Protein ）是包含蛋白质序列，功能信息，研究论文索引的蛋白质数据库，整合了包括EBI（ European Bioinformatics Institute），SIB（the Swiss Institute of Bioinformatics），PIR（Protein ...