单细胞RNA测序(scRNA-seq)是目前最前沿,能进行大规模实验的转录组研究技术,为理解细胞组成和动态生物学过程提供了很多新的见解。单细胞研究已经为我们理解发育过程,老化和疾病(如癌症)等提供了大量数据。在...
R包,用于从单细胞RNA-seq的单个细胞水平提取基因签名和细胞身份。 欢迎来到在BioRxiv预印本展示的CelliD软件的官方Github存储库 概述 CelliD是一种强大的统计方法,可对单细胞RNA-seq数据集中的每个单个细胞执行...
单细胞分析
包,用于对高维单细胞数据中的实验扰动响应中涉及的细胞类型进行优先级排序。 Augur 背后的直觉是,在分子测量空间中,对给定实验刺激产生深刻React的细胞比不受刺激影响的细胞更容易分离。 Augur 通过询问与每个...
在本地电脑无限使用无限分析作图的生信零代码一键分析电脑软件神器OmicsTools 软件在github上的zihaoxingstudy1/OmicsTools仓库 中,大家可以下载安装OmicsTools进行各种生信分析和可视化作图。
10X单细胞核转录组 + 10X单细胞ATAC的联合分析(WNN)
标签: 数据分析
多对象单细胞反卷积(MuSiC) MuSiC是一种反卷积方法,它利用跨学科的scRNA-seq来估计大量RNA-seq数据中的细胞类型比例。 如何引用MuSiC 请引用以下出版物: 具有多对象单细胞表达参考的大体积组织细胞类型反卷积...
单细胞论文 这个 repo 是 Pachter Lab 阅读小组的论文和笔记的集合。 到目前为止,这是一些单细胞 RNA-Seq (scRNA-Seq) 论文的非详尽列表。 粗体的论文是我稍微偏向于覆盖的论文。 这些论文包括分析方法、协议、...
a,SKSCJi1恶性细胞的基因表达UMAP包埋,按8个指示模块的模块评分着色。bd,所有 19 个 NYU 肿瘤的 8,613 个恶性细胞的模块评分t-SNE包埋,由得分最高的模块 (b) 着色,按癌症类型着色,如图所示。1ac) 和 pEMT ...
前期的研究通过解离组织进行scRNA-seq已经定义了不同类型的胶质母细胞瘤(GBM)恶性细胞及不同的免疫细胞亚型,例如4种恶性细胞类型:neural progenitor-like (NPC),oligodendrocyte progenitor-like (OPC),...
SAVER(通过表达恢复进行单细胞分析)实施正则化回归预测和经验贝叶斯方法,以在嘈杂和稀疏的单细胞 RNA-seq 数据中恢复真实的基因表达谱。 安装 您可以通过运行以下命令从 CRAN 安装 SAVER: install.packages( ...
scde程序包实现了一组用于分析单细胞RNA-seq数据的统计方法。 scde适合用于单细胞RNA-seq测量的单个误差模型。 然后可以将这些模型用于评估细胞组之间的差异表达以及其他类型的分析。 scde软件包还包含pagoda框架,...
10X单细胞(10X空间转录组)进行细胞定义的分析策略
10X单细胞测序数据的降维方法及细胞亚型的鉴定聚类方法总结(基础知识)
单细胞-rcc-管道用于分析手稿“单细胞 VIPER 识别复发相关肾肿瘤巨噬细胞”的单细胞 ccRCC 数据的数据文件和代码。 包括手稿中使用的 VIPER 单细胞蛋白质活性推理管道的代码。 “singlecell_gex_viper_analysis.R”...
这是在《自然方法》上发表的论文的python实现,该论文的标题为“通过基于内核的相似性学习对单细胞RNA-seq数据进行可视化和分析”。 概述 单细胞RNA-seq技术可实现单个细胞的高通量基因表达测量,并允许发现细胞群体...
10X单细胞(10X空间转录组)构建基因网络之locCSN
10X单细胞(10X空间转录组)整合分析批次处理之细节(harmony)
ClusterMap是一个R包,旨在分析和比较两个或多个单细胞表达数据集。 请引用:高X,胡D,果果M,李H。ClusterMap:比较不同实验条件下的多个单细胞RNA-Seq数据集。 生物信息学。 2019. doi:10.1093 / ...
标签: R
使用 SCENT 和 CCAT 估算单细胞分化潜能的简要教程 名称 联系 安德鲁·E·特申多夫 中国科学院计算生物学重点实验室,PICB,SINH 伦敦大学学院 UCL 癌症研究所 2020-10-26 香味 BiocStyle::html_document toc_...
探索单细胞转录组学的新维度:scVelo 项目地址:https://gitcode.com/theislab/scvelo scVelo 是一个开源Python库,专为单细胞转录组学数据分析提供了一种全面且强大的工具。该项目由Theis实验室维护,旨在帮助生物...
3、TCGA数据集ssGSEA计算ICD-score,并使用WGCNA的方法筛选关键的module基因集,同时差异分析筛选肿瘤发生相关的基因集,GO和KEGG富集分析筛选关键的功能。4、基于10种机器学习的方法构建101种机器学习算法组合构建...
(单细胞变体推断工具)是在和基础上构建的用于单细胞组学数据概率模型的软件包。 单细胞组学模型的可用实现 scvi-tools包含几种模型的可伸缩实现,这些模型可促进许多组学中的大量任务,包括: 用于单细胞RNA数据...
单细胞RT-PCR技术及应用研究进展,吴梦瑞,朱蕾, 出现于90年代初期的单细胞RT-PCR技术开启了单细胞基因表达研究的大门。近十年来,单细胞RT-PCR技术不断发展:从检测到克隆,从定性到
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深联合倾斜单细胞多组学模型 具有三种联合学习策略的scMVAE模型概述。 (A)scMVAE模型的总体框架。 给定相同细胞i的scRNA-seq数据(具有M个变量的xi)和scATAC-seq数据(具有N个变量的yi)作为输入,scMVAE模型...
SAFE(来自Ensemble的单细胞聚合聚类):单细胞RNA-seq数据的聚类集成 尽管最近已经开发出几种方法来使用单细胞RNA-seq(scRNA-Seq)数据对细胞类型进行聚类,但它们利用了数据的不同特征,并且在聚类数量和实际聚类...