fastp：数据质控 + 过滤
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fastp: 进行数据的质控和过滤
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目录RNA-seq数据质控测序数据处理RNAseq测序FAQ RNA-seq数据质控 在数据分析之前，需要对数据质量控制 数据质控指标 碱基含量分布（应该满足碱基互补配对） 碱基质量分布 质量值>=Q20 : 好碱基 质量值&...
在本地电脑无限使用无限分析作图的生信零代码一键分析电脑软件神器OmicsTools 软件在github上的zihaoxingstudy1/OmicsTools仓库 中，大家可以下载安装OmicsTools进行各种生信分析和可视化作图。
单细胞-Seurat的构建以及单细胞数据质控
因为我是直接trinity开始的，后面面才开始补加数据前处理，毕竟都是练手所以没关系。但实际上这部分应该放在前面。下载一个基因组很小的细菌做试炼：Pelagibacter phage Greip EXVC021P
kneaddata软件介绍，使用bowtie2去除人体DNA污染，并通过trimmomatic对序列进行筛选，最后fastqc报告序列质控结果
左边：测序质量好，横轴是测序读段长度，纵轴是测序的碱基质量，绿色区域代表碱基质量好，粉红色区域代表质量差，中间...（以上内容是B站前6个教学视频的PPT截图 ）测序差的数据要进行数据质控，0.5: 测序错误概率。
snp的质控是非常重要的，如果snp数据的质量不佳，那么计算的结果的有效性和准确性就无法保证。在进行snp芯片测序采集的过程中，难免出现测序、人工操作等其他方面造成的误差，而非该个体的真实情况，如果不对这些...
从输出文件${sn}_fastp.json文件中获取过滤前后Q20,Q30比例,总的reads从输出文件${sn}_marked.flagstat文件中获取mapping的一些信息，比如mapping比例，比对到参考基因组上的比例输出所有区域文件${ref.bed}位点的...
请问这是什么情况，有人知道吗，总是报错，我记得更改python版本可以解决，但是我忘记哪个版本了
Trimmomatic就是一个高通量测序数据质控神器，可以对测序数据进行过滤。 Trimmomatic 支持多线程，处理数据速度快，主要用来去除 Illumina 平台的 Fastq 序列中的接头，并根据碱基质量值对 Fas...
本文旨在介绍单细胞转录组数据的质控与标准化方法，重点讨论R语言在质控与标准化过程中的应用，并通过实例演示展示具体的操作步骤和结果分析。同时探讨质控与标准化方法的局限性和未来发展趋势，为单细胞转录组数据...
要对下机数据做质控，去接头，去除低质量碱基序列，之前总是用trimmomatic，发现学校服务器上没有这个软件，只好再重新下载、安装，重新学习一下当时用的参数都是啥意思，能不能再优化一下。附：实验室老师用的是另...
「写在前面」Python作为一种高级编程语言，被广泛用于单细胞数据分析，有着以下的优势：「大量的生物信息学库：」 Python拥有大量的生物信息学库，如scikit-learn、scanpy[1]等，可以用于单细胞数据的预处理、聚类、...
首先我们先下载一组全外显子测序数据。nabi sra库，随机找了一个。来自受试者“16177_CCPM_1300019”(SRR28391647, SRR28398576)的样本“16177_CCPM_1300019_BB5”的基因组DNA配对端文库“0369547849_Illumina_P5-...
宏基因组数据分析专题之展望与数据质控 导读 宏基因组测序（Metagenomics Sequencing）是以特定环境下的微生物群落作为研究对象，对该样品中所包含的全部微生物总的DNA进行测序 从而使人类可以研究微生物种群...
生物医疗健康大数据分析处理中的数据质控及bwa比对
摘要：QIIME是目前微生物组扩增子分析领域使用最广泛的流程(软件)，论文发表10年已经被引用超2万次。虽然QIIME的推出在微生物组数据分析领域具有里程碑意义
（2）图中每1个boxplot都是该位置的所有序列的测序质量的一个统计，上面的bar是90%分位数，下面的bar是10%分位数，箱子的中间的横线是50%分位数，箱子的上边是75%分位数，下边是25%分位数；（1）tile代表每一次测序...
Trimmomatic工具是用于illumina二代测序数据的reads处理，主要对接头(adapter)序列和低质量序列进行过滤。下面是使用该工具处理双端测序(PE)数据时，常用参数的一些说明。 参考文档 Trimmomatic工具的参考文献 ...
2、数据质控 双端测序 fastp -i NCBI/2_fq/SRR13413579_1.fastq.gz -o NCBI/2_fq/SRR13413579_1clean1.fastq.gz -I NCBI/2_fq/SRR13413579_2.fastq.gz -O 2_fq/SRR13413579_2clean1.fastq.gz --compressi
下机数据的格式一般为fq.gz fastq序列条数统计 压缩格式解压，统计行数除以4 # 通常以fastq.gz格式压缩 zcat input.fastq.gz | awk 'NR%4==2{c++} END{print c}' # 推荐下面的方法 pigz 会比gzip快10倍 pigz -...
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