技术标签： linux系统bwa安装
在使用虚拟机安装BWA时，出现报错，报错信息见下文。经过核查，虚拟机为32位的系统，而BWA主要支持64位系统，由于相关配置太多，不想重装系统重新来过，解决方案如下：
以bwa-0.7.4版本为例，修改Makefile文件前面几行：
CC= gcc
CFLAGS= -g -Wall -O2 -msse -mmmx
-msse2
AR= ar
DFLAGS= -DHAVE_PTHREAD
LOBJS= utils.o kstring.o ksw.o bwt.o
bntseq.o bwa.o bwamem.o bwamem_pair.o
AOBJS= QSufSort.o bwt_gen.o bwase.o
bwaseqio.o bwtgap.o bwtaln.o bamlite.o \
is.o bwtindex.o bwape.o
kopen.o pemerge.o \
bwtsw2_core.o bwtsw2_main.o
bwtsw2_aux.o bwt_lite.o \
bwtsw2_chain.o fastmap.o
bwtsw2_pair.o
PROG= bwa
INCLUDES=
LIBS= -lm -lz -lpthread
······
报错信息如下：
gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD
-DUSE_MALLOC_WRAPPERS ksw.c -o ksw.o<
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